היחידות הסביבתיות פועלות תחת המשרד להגנת הסביבה שאחראי ליישום מדיניות סביבתית-לאומית ומספק ליווי והנחיה מקצועית לרשויות המקומיות באמצעות כ-60 יחידות סביבתיות. יחידות אלה מטפלות בנושאי איכות סביבה ברמה המוניציפאלית. ליחידות סמכות ואחריות במגוון נושאים סביבה, לרב מקומיים, והן מהוות הגורם המקצועי שמתווך בין המשרד להגנת הסביבה לרשות המקומית ומיישם את הסוגיות השונות בקרב הרשויות שבאחריותה. היבטים סביבתיים בעלי השפעה גדולה יותר, או מורכבת יותר, מטופלת ברמה המחוזית או על ידי המטה הארצי.

תקציב היחידה ממומן ברובו על ידי הרשות המקומית ובחלקו נתמך מתקציב המשרד להגנת הסביבה, בהתאם לגודל היחידה, מספר התושבים, שטח גיאוגרפי ופרמטרים נוספים.

סוגי יחידות סביבתיות:

1. יחידה סביבתית עירונית: מחלקה ברשות המקומית. למשל יחידה סביבתית עירונית נתניה.
2. יחידה סביבתית אזורית: מחלקה הכפופה לרשות מקומית אחת, אך מטפלת בנושאי איכות סביבה של מספר רשויות מקומיות הנושאות במימון הפעילות שלה. לדוגמא: יחידה סביבתית אזורית השרון הכוללת את הוד השרון, חוף השרון, כוכב יאיר, כפר סבא, דרום השרון, צור יגאל, רעננה וכפר שמריהו.
3. איגוד ערים לאיכות הסביבה: תאגיד המוקם בצו של שר הפנים מכוח חוק איגודי ערים, התשט"ו-1955 (חוק איגודי ערים), אותו מנהלת מועצה שנציגיה חברי הרשויות המקומיות שבתחום האיגוד. הצו מקנה לאיגוד הערים סמכויות ותפקידים בתחום הגנת הסביבה המוענקים בחקיקה לרשויות המקומיות. רשויות אלה גם מממנות את פעילות האיגוד. לדוגמא: איגוד ערים מפרץ חיפה הכולל את חיפה, הקריות, נשר, זבולון, קריית טבעון ורכסים.